Seja qual for o modo de jogo que jogarem em Cosmonautica, estes seguem o mesmo objetivo básico do desenvolvimento da nave e da tripulação, a fim de torná-la mais rentável. Os lucros são então colocados para a investigação, naves melhores e maiores, e membros da tripulação adicionais especializados. De vez em quando, há a opção de se envolver em uma batalha espacial enfrentando piratas. Tudo isto numa espécie de The Sims misturado com Fallout Shelter que nunca chega a ser muito ambicioso.
Cosmonautica é essencialmente um jogo de negociação no espaço. Há alguma variedade nos objectivos da missão mas acaba por se resumir sempre a ter lucro. O jogador começa a campanha single player a acordar de uma ressaca, sendo recebido pela AI da nave, escolher um grupo heterogéneo de quatro especialistas e o casco vazio de um navio, acrescentar casas de banho, uma cozinha e outros tipos de sustentação da vida básicos.
Sem um tutorial adequado e muitos, muitos sistemas interligados para compreender, o começo é um processo frustrante de tentativa e erro. Tudo em Cosmonautica, desde torres e escudos até casas de banho tem de ser pesquisado e desbloqueado. A expansão de rotas de comércio para planetas exteriores ou outros sistemas solares envolve algumas condições a serem alcançados através da pesquisas.
Os aspectos tediosos do jogo podem ser mais atraentes ou toleráveis se todo o grind estivesse aliado a uma história interessante ou personagens engraçadas. Cosmonautica envolve no seu núcleo uma camada de personagens peculiares e humor que não necessariamente traduzem bem as referências à cultura pop presentes no jogo.